После боя на Арене Петранаки на Геонозисе, в которой погибло не мало Рыцарей Ордена Джедаев от рук дроидов сепаратистов Республика явила галактике свою армию клонов, донор ДНК которых наемный охотник по имени Джанго Фетт погиб во время сражения. То, что началось в виде казни сенатора Набу Падмэ Амидалы, Падавана Энакина Скайвокера и Мастера Оби-Вана Кеноби, переросло в полномасштабную Первую Битву за Геонозис (Источник: "Звездные Войны: Эпизод II: Атака Клонов")

"Сетями темной стороны наш мир окутан... Война клоническая началась"
--- Верховный Магистр Йода

Войны Клонов - конфликт, начавшийся с Первой Битвы при Геонозисе (22 ДБЯ) между силами Галактической Республики и объединением сепаратистов Конфедерацией Независимых Систем в результате Кризиса Сепаратистов. В то время, как Галактическая Республика возглавляется Сенатом во главе с Верховным Канцлером Палпатином, Конфедерация Независимых Систем состоит из представителей Коммерческой Гильдии, Корпоративного Альянса, МежГалактического Банковского Клана, ТехноСоюза и Торговой Федерации, возглавляемыми Графом Дуку, Владыкой Ситхов. На самом деле конфликт был полностью разыгранным спектаклем Темным Владыкой Ситхов Дарт Сидиусом с целью захвата власти над всей галактикой и победы над Орденом Джедаев, однако, личность Сидиуса была сокрыта, и Орден Джедаев был в неведении на момент начала Войны.
Вскоре после начала Войны Клонов и победы Республики в Первой Битве за Геонозис, следующим ключевым сражением стала Битва за Кристофсис. Республике удалось одержать победу над Адмиралом Тренчем, а силам КНС пришлось снять блокаду с планеты.
Сразу же после победы. Оби-Ван Кеноби, Энакин Скайвокер и новая Падаван последнего Асока Тано были уведомлены о следующем конфликте - сын Джаббы Хатта был похищен. На кону был Договор с Хаттами, при успешном подписании которого Джабба позволил бы Республике свободный путь через Пространство Хаттов, что в свою очередь значительно ослабило бы позиции сепаратистов. Джедаи и отряд клонов отправились освобождать сына Джаббы, в то время как в переговоры с Хаттом вступил Граф Дуку с целью заключить договор с ним от имени КНС (Источник: "Звездные Войны: ВойнЫ Клонов (фильм)").
Тем не менее, несмотря на отчаянные попытки Энакина Скайвокера и Асоки Тано доставить сына Джаббы в целости и сохранности, их миссия была провалена. В результате Республике не удалось подписать Договор с Хаттами, а Дуку получил такую возможность, что позволило получить ему союз с хаттами и закрепить свои территории.

Внимание: дальнейший ход Войны Клонов имеет авторское направление с учетом альтернативного завершения Миссии у Дворца Джаббы.

Карта галактики на момент начала игры (без учета указаний ключевых сражений)

Столицей Галактической Республики является планета-город Корусант. Корусант на протяжении многих веков и тысячелетий оставался и остается до сих пор столицей Республики, расположенной возле Ядра Галактики.

Корусант - многоуровневый город, планета-столица Республики, жители которого обитают в верхних и средних уровнях. Чем ниже уровень - тем тяжелее условия существования и жизни. Самые низкие уровни Корусанта до сих пор не исследованы и попасть туда крайне трудно. На данный момент столица считается самой защищенной планетой в Республике с большим контингентом сил безопасности под защитой блистательного флота. 

Ключевые территории Галактической Республики:

[indent] ● Альдераан;
[indent] ● Кореллия;
[indent] ● Камино;
[indent] ● Итор;
[indent] ● Эриаду;
[indent] ● Ансион;
[indent] ● Рендили;
[indent] ● Куат;
[indent] ● Кашиик;
[indent] ● Набу;
[indent] ● Орд Мантелл.

После выборов в 32 ДБЯ кресло Канцлера занял Шив Палпатин - сенатор с планеты Набу, заменив тем самым своего предшественника Финиса Вэлорума. Отбыв на должности два полных срока, допустимых Галактической Конституцией, Палпатин должен был покинуть свой пост, однако в результате затянувшегося Кризиса Сепаратистов, Сенат принял правки в Конституцию, которые позволили Палпатину остаться в должности Верховного Канцлера с целью предотвращения новых актов сепаратизма. Кроме того, с учетом нарастающей угрозы сепаратистов Сенат наделил Верховного Канцлера Палпатина экстренными полномочиями, что позволило ему в свою очередь сформировать Великую Армию Республики в ответ на преобладающую Армию Дроидов Сепаратистов. Новая армия, которая состояла в основном из клонов с планеты Камино, была мобилизирована для противостояния с боевыми дроидами Сепаратистов КНС. Новые полномочия Верховного Канцлера, которые были возложены на Палпатина на время Войн Клонов, позволяли ему организовывать и контролировать действия Советников Военного Совета, а также Верховного Командования.

Сенат делился на различные комитеты, каждый из которых занимался различными вопросами Галактического правительства и законодательства. Будучи главным законодательным органом Республики, Сенат создавал новые законы, решал споры, заключал соглашения, регулировал экономику. Сенат также обладал полномочиями регулировать налоги, объявлять войну, объявлять Свободные Торговые Зоны и практически проводить любые действия для сохранения стабильности Республики. Однако, он не обладал правом обвинять правонарушителей - юридическая система была в руках Верховного Суда, а также миротворческие полномочия были доверены Судебному департаменту. Сенат не имел права руководить Орденом Джедаев, но часто давил на них для выполнения своих задач.

Республиканская Разведка - служба шпионов Галактической Республики, которая во время Войн Клонов проводила различные операции для подрыва деятельности Конфедерации Независимых Систем.

С начала событий Войн Клонов, Республиканский флот состоял из состава из планетарных защитных подразделений из различные звездные систем, а также членов Судебных Сил. Так как Джедаи и Сенат не имели опыта в ведении войны, они получали опыт у офицеров флота, что в результате привело к появлению разношерстного количества специалистов военных командиров с различными навыками, подходами, опытам и умениями, которые объединялись отличным чувством стратегии и тактики офицеров флота.
Располагая экстренными полномочиями, Верховный Канцлер Шив Палпатин был одновременно Верховным Главнокомандующим, которому подчинялась и армия и флот, а также все Верховное Командование Республики.

Кроме того, что Джедаи данной эпохи являются хранителями Силы и справедливости, защитниками Республики, Бой на арене Петранаки показал, что Джедаи явно не готовы к полномасштабным сражениям. В связи с этим, Джедаи начали более активно оттачивать свои боевые навыки, а также развивать другие умения - пилотирование, стратегия и тактика, лидерские качества и другие качества, необходимые для ведения военных действий и возглавления отрядов боевых клонов.